회사 담당자가 자주 틀리는 연말정산 실수 5가지
결론부터
연말정산 실수는 계산보다 확인을 건너뛴 자리에서 나옵니다. 자주 틀리는 곳은 다섯 곳입니다. 부양가족 중복, 부양가족 소득요건, 중도입사자의 전 근무지 소득, 비과세 수당, 기부금 영수증입니다.
다섯 가지 모두 직원이 낸 자료를 그대로 입력하면 놓치기 쉽습니다. 다만 대부분 연말 전에 확인해 둘 수 있는 것입니다. 11~12월에 전 근무지 서류와 비과세 수당부터 정리해 두시길 권합니다.
기준일 2026년 11월 04일
다섯 가지를 한눈에
| 실수 | 왜 생기나 | 담당자가 확인할 것 |
|---|---|---|
| ① 부양가족 중복 | 형제가 각자 회사에서 같은 부모님을 올림 | 가족끼리 누가 공제받을지 정했는지 직원에게 확인 |
| ② 소득요건 착오 | 「수입이 적어 보이니 괜찮다」고 판단 | 그해 소득금액 합계, 특히 양도·퇴직소득 |
| ③ 전 근무지 합산 누락 | 올해 입사자의 이전 급여를 받지 않음 | 전 근무지 원천징수영수증과 근로소득원천징수부 사본 |
| ④ 비과세 처리 오류 | 수당 이름만 보고 전 직원을 비과세로 처리 | 직원별 요건과 월 한도 |
| ⑤ 기부금 영수증 | 기부금 종류와 기부한 사람을 구분하지 않음 | 종류, 기부한 사람, 영수증 내용 |
① 부양가족 중복 — 한 사람에게만 올립니다
같은 가족이 두 사람의 공제 대상에 해당해도 공제는 한 사람만 받습니다(「소득세법」 제50조 제3항). 둘 다 올리면 아래 순서로 정합니다(「소득세법 시행령」 제106조 제2항).
- 직전 과세기간에 그 부양가족을 공제받은 사람
- 그런 사람이 없으면 해당 과세기간 종합소득금액이 가장 많은 사람
회사 담당자는 다른 회사에 다니는 형제의 공제 내역을 볼 수 없습니다. 그래서 공제신고서를 받을 때 「가족 중 다른 사람이 이 분을 올리지 않습니다」라고 직원이 확인하는 칸을 두면 도움이 됩니다.
② 소득요건 — 받은 돈이 아니라 소득금액으로 봅니다
배우자와 부양가족의 기본공제 소득요건은 해당 과세기간 소득금액 합계액 100만원 이하입니다. 근로소득만 있으면 총급여 500만원 이하도 요건을 맞춥니다(「소득세법」 제50조 제1항).
자주 놓치는 것은 세 가지입니다.
- 양도소득과 퇴직소득: 소득은 종합·퇴직·양도소득으로 나뉩니다(「소득세법」 제4조 제1항). 부모님이 그해 집이나 땅을 팔았다면 소득금액부터 확인합니다.
- 판정 시점: 원칙은 12월 31일 현재 상황입니다. 그 전에 돌아가신 분은 사망일 전날 상황으로 봅니다(「소득세법」 제53조 제4항).
- 나이: 그해 중 해당 나이가 되는 날이 있으면 공제 대상으로 봅니다(「소득세법」 제53조 제5항).
소득요건을 넘어도 모든 공제가 함께 사라지는 것은 아닙니다. 의료비 세액공제는 기본공제대상자의 나이와 소득을 따지지 않는다고 정하고 있습니다(「소득세법」 제59조의4 제2항). 기본공제를 뺄 때 의료비까지 일괄로 지우지 말고 따로 검토합니다.
③ 중도입사자 — 전 근무지 소득을 합쳐서 정산합니다
올해 중간에 입사한 직원은 전 근무지 근로소득과 합친 금액으로 연말정산합니다. 새 회사는 전 근무지의 근로소득원천징수영수증과 근로소득원천징수부 사본을 받아 정산합니다(「소득세법 시행령」 제197조 제1항).
- 전 회사의 의무: 중도 퇴직자에게는 퇴직한 달 급여를 지급한 달의 다음 달 말일까지 원천징수영수증을 발급해야 합니다(「소득세법」 제143조 제1항).
- 합치지 못한 경우: 직원 본인이 다음 해 5월에 두 곳의 소득을 합쳐 종합소득세를 신고해야 합니다(「소득세법」 제70조 제1항, 제73조 제2항).
직원이 「전 직장은 짧게 다녀서 안 내도 된다」고 생각하는 경우가 있습니다. 근무 기간이 짧아도 합산 대상입니다. 올해 입사자 명단을 뽑아 지금 서류를 요청해 두면 1월에 쫓기지 않습니다.
④ 비과세 — 수당 이름이 아니라 요건으로 봅니다
급여대장에 비과세로 적었다고 비과세가 되는 것은 아닙니다. 자주 쓰는 항목의 요건은 아래와 같습니다.
| 항목 | 현행 요건 | 자주 틀리는 경우 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 식사대 | 식사를 제공받지 않는 근로자, 월 20만원 이하 | 구내식당·회사 결제 점심을 먹는 직원의 식대도 비과세로 처리 | 「소득세법」 제12조 제3호 러목 |
| 자가운전보조금 | 본인 소유 또는 본인 명의 임차 차량을 직접 운전해 업무에 사용, 회사 지급기준에 따라 실제 여비 대신 받는 금액 중 월 20만원 이내 | 업무에 쓰지 않거나 실제 출장비까지 함께 받음 | 「소득세법 시행령」 제12조 제3호 |
| 보육 관련 급여 | 그해 1월 1일 기준 6세 이하 자녀, 자녀 1명당 월 20만원 이내 | 자녀 나이와 자녀 수를 확인하지 않음 | 「소득세법」 제12조 제3호 머목 2) |
| 기업부설연구소 연구활동비 | 인정받은 중소·벤처기업 연구소·전담부서에서 연구활동에 직접 종사, 월 20만원 이내 | 연구에 직접 종사하지 않는 직원까지 포함 | 「소득세법 시행령」 제12조 제12호 다목 |
비과세를 잘못 잡으면 총급여가 달라져 정산 세액도 달라집니다. 지급명세서에 적은 지급금액이 사실과 다르면 그 금액의 1%가 가산세 대상이 될 수 있습니다(「소득세법」 제81조의11 제1항 제2호).
⑤ 기부금 영수증 — 종류와 기부한 사람을 봅니다
기부금은 종류마다 공제 방식이 다릅니다. 영수증의 금액만 보고 한 칸에 넣으면 틀립니다.
| 종류 | 예 | 세액공제 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 특례기부금 | 국가·지방자치단체 기증, 이재민 구호금품, 사립학교 장학금 | 15%, 1천만원 초과분 30% | 「소득세법」 제59조의4 제4항 제1호 |
| 일반기부금 | 종교단체, 요건을 갖춘 노동조합 조합비, 지정 공익단체 | 15%, 1천만원 초과분 30% (소득금액 기준 한도 있음) | 「소득세법」 제59조의4 제4항 제2호 |
| 정치자금 | 정당·후원회·선거관리위원회 | 10만원까지 기부액의 110분의 100, 초과분 15%, 3천만원 초과분 25% | 「조세특례제한법」 제76조 제1항 |
| 고향사랑 기부금 | 지방자치단체 | 10만원까지 110분의 100, 10만원 초과 20만원까지 40%, 20만원 초과 2천만원까지 15% (특별재난지역 기부는 30%) | 「조세특례제한법」 제58조 제1항 |
확인할 것은 세 가지입니다.
- 기부한 사람: 특례·일반기부금은 배우자와 부양가족이 낸 금액도 포함할 수 있습니다. 나이는 따지지 않지만 소득요건은 봅니다. 다른 사람의 기본공제를 받은 가족의 기부금은 제외합니다(「소득세법」 제59조의4 제4항). 정치자금과 고향사랑 기부금은 조문에 이 내용이 없으므로 직원 본인 기부인지 먼저 확인합니다.
- 남은 금액: 한도를 넘거나 낼 세금이 부족해 공제받지 못한 기부금은 다음 과세기간부터 10년 안에 이월해 공제할 수 있습니다(「소득세법」 제61조 제2항). 전년도 이월액도 함께 확인합니다.
- 실제 기부 여부: 기부 사실이 없는 영수증은 거짓 증빙 문제가 됩니다(「조세범 처벌법」 제3조 제6항 제2호). 부정행위로 판단되면 과소신고가산세가 40%입니다(「국세기본법」 제47조의3 제1항 제1호). 영수증이 어색하면 직원에게 이체 내역을 물어봅니다.
회사가 기부금세액공제를 적용했다면 지급명세서를 낼 때 기부금명세서도 함께 제출합니다(「소득세법 시행령」 제118조의7 제2항).
이미 끝난 연말정산에서 실수를 찾았다면
공제를 더 받았을 때는 수정신고로 바로잡습니다. 근로소득만 있는 직원도 수정신고를 할 수 있습니다(「국세기본법」 제45조 제1항). 그대로 두면 과소신고가산세(덜 낸 세액의 10%)와 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다(같은 법 제47조의3, 제47조의4).
공제를 빠뜨렸을 때는 직원이 다음 해 5월 종합소득세 신고로 반영할 수 있습니다. 그 뒤에는 연말정산 세액의 납부기한이 지난 후 5년 안에 경정을 청구할 수 있습니다(「국세기본법」 제45조의2 제1항·제5항).
다원의 시각
연말정산 실수의 상당수는 담당자가 혼자 알아낼 수 없는 정보에서 나옵니다. 부모님의 소득, 형제의 공제, 전 직장 급여는 직원이 말해 주지 않으면 회사가 모릅니다.
그래서 시작은 입력이 아니라 질문입니다. 1월 안내문에 「올해 전 직장이 있었나요」 「부모님이 올해 부동산을 파셨나요」 「다른 가족이 이 분을 공제받나요」를 예/아니오로 넣으시길 권합니다.
비과세는 연말에 고치면 1년 치를 되짚어야 합니다. 수당을 새로 만들거나 식사 방식이 바뀔 때 그 달에 바로 직원별 요건을 확인해 두는 편이 손이 덜 갑니다.
기준일 2026년 11월 04일
시행상태 현행 세법 기준입니다. 「소득세법」(2026.7.1. 시행판), 같은 법 시행령(2026.10.1. 시행판), 「국세기본법」(2026.10.2. 시행판), 「조세특례제한법」(2026.9.18. 시행판), 「조세범 처벌법」(2021.1.1. 시행판) 원문으로 확인했습니다. 국회에서 논의 중인 개정안은 반영하지 않았습니다.
근거 「소득세법」 제4조 제1항, 제12조 제3호 러목·머목, 제50조 제1항·제3항, 제53조 제4항·제5항, 제59조의4 제2항·제4항, 제61조 제2항, 제70조 제1항, 제73조 제2항, 제81조의11 제1항, 제143조 제1항 / 같은 법 시행령 제12조, 제106조 제2항, 제118조의7 제2항, 제197조 제1항 / 「조세특례제한법」 제58조 제1항, 제76조 제1항 / 「국세기본법」 제45조, 제45조의2, 제47조의3, 제47조의4 / 「조세범 처벌법」 제3조 제6항
주의 공제 가능 여부와 가산세 금액은 직원별 사실관계에 따라 달라집니다. 2026년 귀속 공제 항목과 한도는 연말 세법 개정으로 달라질 수 있어, 1월 안내 전에 다시 확인합니다. 기부금 단체의 해당 여부는 단체별로 확인합니다.
우리 회사 연말정산, 틀리기 쉬운 곳부터 함께 점검해 드립니다
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자주 묻는 질문
형제가 같은 부모님을 올린 걸 뒤늦게 알았어요. 어떻게 하나요?
공제는 한 사람만 받을 수 있으니 가족끼리 정한 뒤 다른 사람이 공제를 빼고 수정신고합니다. 서로 정하지 못하면 직전 과세기간에 공제받은 사람, 그런 사람이 없으면 종합소득금액이 가장 많은 사람으로 정합니다.
중도입사한 직원이 전 직장 영수증을 안 가져와요. 회사가 대신 합산해야 하나요?
먼저 직원에게 전 회사에 발급을 요청하도록 안내합니다. 끝내 받지 못해 합치지 못하면 직원이 다음 해 5월에 두 곳의 소득을 합쳐 종합소득세를 신고해야 합니다. 이 내용을 직원에게 미리 알려 주세요.
식대 20만원은 전 직원을 비과세로 넣어도 되나요?
안 됩니다. 식사를 제공받지 않는 직원의 월 20만원 이하 식사대만 비과세입니다. 구내식당처럼 회사가 제공하는 식사를 받는 직원은 직원별로 나눠 봐야 합니다.
부모님 소득이 100만원을 넘으면 의료비 공제도 안 되나요?
기본공제는 어렵습니다. 의료비 세액공제는 조문상 기본공제대상자의 나이와 소득을 따지지 않으므로 따로 검토합니다.
기부금 영수증이 간소화 자료에 안 보여요.
간소화 자료에 모든 기부금이 들어 있는 것은 아닙니다. 기부한 단체에서 영수증을 받아 2월 급여를 받는 날까지 회사에 제출합니다.
이 글은 일반적인 정보이며, 개별 사안은 자료를 보고 판단해야 합니다. 관련 안내는 원천세 신고대행 페이지에 있습니다. 상담은 카카오톡 채널이나 전화 031-992-1100으로 하실 수 있습니다.
