법인이 놓치기 쉬운 세액공제 — 경정청구로 검토할 항목
결론부터.
법인세 신고 때 받지 못한 세액공제는 신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 다시 신청할 수 있습니다(「국세기본법」 제45조의2 제1항 제2호). 신고서에 적은 세액공제액이 세법상 받을 수 있는 금액보다 적었다면 청구 대상입니다.
자주 빠지는 것은 직원을 늘린 해의 고용 관련 공제와 연구소·전담부서 인건비에 대한 연구·인력개발비 공제입니다. 다만 요건과 사후관리가 까다로워, 공제가 실제로 되는지는 자료를 놓고 하나씩 따져 봐야 합니다.
(기준일 2026년 10월 29일)
지금 경정청구로 볼 수 있는 사업연도
12월 결산 법인은 사업연도가 끝난 다음 해 3월 31일이 신고기한입니다(「법인세법」 제60조 제1항, 성실신고확인서 제출 법인은 4월 30일). 경정청구는 이 기한부터 5년 안에 합니다.
| 사업연도 | 신고기한 | 경정청구 기한 | 2026년 10월 현재 |
|---|---|---|---|
| 2020년 | 2021년 3월 31일 | 2026년 3월 31일 | 지났음 |
| 2021년 | 2022년 3월 31일 | 2027년 3월 31일 | 청구 가능 — 가장 먼저 마감 |
| 2022년~2025년 | 각 다음 해 3월 31일 | 각 5년 뒤 3월 31일 | 청구 가능 |
12월 결산 법인 기준이며, 결산월이 다르거나 성실신고확인 대상이면 날짜가 달라집니다. 2021년 사업연도분은 내년 3월이 마지막이라 먼저 보는 것이 좋습니다.
유형별 점검표
| 공제 | 근거 | 먼저 확인할 것 | 자주 놓치는 이유 |
|---|---|---|---|
| 고용증대 세액공제 | 「조세특례제한법」 제29조의7 | 2024년까지 사업연도에 상시근로자 수가 전년보다 늘었는지 | 첫해만 받고 2·3년차 공제를 빠뜨림 |
| 통합고용세액공제 | 같은 법 제29조의8 | 상시근로자 증가 여부, 청년·60세 이상·장애인·경력단절 근로자 구분 | 청년 나이·정규직 요건 판단을 생략함 |
| 정규직 전환·육아휴직 복귀 공제 | 같은 법 제29조의8 제4항·제5항 | 전환·복직 인원, 같은 해 전체 인원이 줄지 않았는지 | 고용 증가가 없어 공제가 없다고 생각함 |
| 중소기업 사회보험료 세액공제 | 같은 법 제30조의4 | 2024년까지 사업연도에 인원이 늘었는지, 회사 부담 4대보험료 | 고용증대 공제만 보고 이 공제는 확인하지 않음 |
| 연구·인력개발비 세액공제 | 같은 법 제10조 | 연구소·전담부서 인정 여부, 연구원 인건비·재료비 구분 | 인건비가 일반 급여로만 처리됨 |
| 통합투자세액공제 | 같은 법 제24조 | 사업용 설비 투자 여부 | 중소기업특별세액감면과 둘 중 하나만 받을 수 있어 비교가 필요함 |
연구·인력개발비는 중소기업이면 비율이 큽니다. 현행 조문 기준으로 일반연구·인력개발비는 그 해 발생액의 25%와 전년보다 늘어난 금액의 50% 가운데 선택합니다(같은 법 제10조 제1항 제3호). 단, 직전 4년 동안 비용이 없었거나 직전 연도가 4년 평균보다 적으면 발생액 방식만 쓸 수 있습니다.
청구 전에 꼭 따질 3가지
| 항목 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 사후관리 | 고용 공제는 공제받은 뒤 2년 안에 인원이 줄면 공제가 끊기고, 이미 받은 세액을 다시 낼 수 있습니다 | 「조세특례제한법」 제29조의7 제2항 |
| 중복 적용 | 중소기업특별세액감면과 통합투자세액공제는 같은 해에 하나만 고릅니다. 2025년 1월 1일 이후 창업한 기업은 창업중소기업 감면을 받는 해에 고용증대·통합고용 공제를 같이 받을 수 없습니다. 그 전에 창업했다면 과거 사업연도는 두 가지를 함께 검토할 수 있습니다 | 같은 법 제127조 제4항 단서, 부칙(법률 제20617호) 제2조 |
| 이월공제 | 납부할 세금이 없거나 최저한세에 걸려 못 받은 공제는 10년 동안 넘겨서 쓸 수 있습니다 | 같은 법 제144조 제1항 |
경정청구로 공제를 새로 넣으면 그 뒤 사업연도의 사후관리·이월공제 금액도 함께 바뀝니다. 한 해만 고치지 말고 연결된 사업연도를 같이 봐야 나중에 추징으로 돌아오지 않습니다.
2026년 사업연도부터 바뀐 것 (현행)
통합고용세액공제는 2025년 12월 개정으로 2026년 12월 31일이 속하는 사업연도부터 계산 방식이 바뀌었습니다(같은 법 제29조의8 제1항). 직전 3개 사업연도 중 한 해라도 인원이 늘었으면 공제를 따지는 구조입니다.
지난 사업연도를 경정청구할 때는 그 사업연도에 시행되던 규정으로 계산합니다. 같은 공제 이름이라도 연도마다 금액과 요건이 다를 수 있습니다.
다원의 시각
세액공제 경정청구에서 시간이 드는 것은 계산보다 인원 집계입니다. 상시근로자 수는 매월 말 인원을 평균해서 구하고, 청년·임원·단시간 근로자는 따로 셉니다. 급여대장과 4대보험 자료가 맞지 않으면 숫자부터 다시 맞춰야 합니다.
청구는 "얼마가 나오는가"보다 "받은 뒤 지킬 수 있는가"를 먼저 봅니다. 내년에 인원을 줄일 계획이 있다면 공제를 받아도 다시 내야 할 수 있습니다. 다원세무회계는 사업연도별 인원표와 신고서를 나란히 놓고 공제 요건과 사후관리를 함께 검토해 드립니다.
| 기준일 | 2026년 10월 29일 |
|---|---|
| 시행상태 | 현행 세법 기준입니다. 통합고용세액공제는 2025년 12월 개정 규정이 2026년 사업연도부터 적용되며, 지난 사업연도는 당시 규정으로 판단합니다. |
| 근거 | 「국세기본법」 제45조의2, 「법인세법」 제60조, 「조세특례제한법」 제10조, 제24조, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의4, 제127조, 제144조, 같은 법 시행령 제9조, 제23조 |
| 주의 | 공제 가능 여부와 금액은 업종, 기업 규모, 근로자별 요건, 다른 감면과의 선택에 따라 달라집니다. 경정청구의 인용 여부는 관할 세무서가 판단합니다. |
지난 5년 법인세 신고서, 빠진 공제가 있는지 검토해 드립니다
사업연도별 인원표와 신고서를 대조해 고용·연구개발·투자 공제의 요건과 사후관리를 함께 점검합니다.
전화 031-992-1100 · 카카오톡 다원세무회계 상담하기
자주 묻는 질문
작년에 직원을 두 명 뽑았는데, 공제를 받았는지 모르겠어요. 법인세 신고서의 세액공제 신청서와 공제감면세액 합계표를 보면 확인할 수 있습니다. 빠져 있다면 경정청구 대상인지 인원 요건부터 검토합니다.
경정청구를 하면 세무조사를 받게 되나요? 경정청구는 납세자에게 주어진 권리입니다. 세무서는 청구 내용을 검토하며 자료를 요청할 수 있으므로, 인원 집계표와 근거 서류를 미리 갖춰 두는 것이 좋습니다.
결과는 언제 나오나요? 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 통지해야 합니다(「국세기본법」 제45조의2 제3항). 검토가 길어지면 진행 상황을 알려 줍니다.
연구소가 없는데도 연구·인력개발비 공제를 받을 수 있나요? 연구·인력개발비 공제는 연구소나 전담부서 인정 여부 등 요건을 따릅니다. 인정 시점과 비용 범위를 확인한 뒤 해당 여부를 검토합니다.
직원이 줄었는데 예전에 받은 공제는 어떻게 되나요? 공제 종류와 감소 시점에 따라 이후 공제가 끊기거나 받은 세액을 다시 낼 수 있습니다. 감소한 사업연도의 신고 때 함께 정리해야 합니다.
이고은 대표세무사
다원세무회계 대표 | 법인세·양도소득세·상속증여세 전문
다원세무회계 광교본점 — 수원 경리아웃소싱 · 원천세 아웃소싱 · 기장 · 상속증여세 상담
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이 글은 일반적인 정보이며, 개별 사안은 자료를 보고 판단해야 합니다. 관련 안내는 법인 세무 페이지에 있습니다. 상담은 카카오톡 채널이나 전화 031-992-1100으로 하실 수 있습니다.
