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투자실사에서 무너지는 세무 5가지, DD 체크리스트

· 14분 읽기
투자유치·IPO 실사(DD) 세무 체크리스트 — 가지급금·IP귀속·정부지원금·캡테이블

이 글의 핵심

  • 투자유치·IPO 실사(DD)는 제품이 아니라 회사의 숫자와 구조를 봅니다. 재무제표보다 대표와 회사 사이의 돈, 지분, 권리 관계가 먼저 문제됩니다.
  • 실사에서 반복적으로 deal-breaker가 되는 다섯 가지는 가지급금·IP(지식재산) 귀속·정부지원금 정산·캡테이블·회계 신뢰도입니다. (기준일 2026년 7월 6일, 투자유치·상장을 준비하는 스타트업·중소법인 대상)
  • 가지급금은 인정이자 익금산입(당좌대출이자율 연 4.6%)과 대표 상여 처분으로 이어져 실사 1순위 지적사항이 됩니다.
  • 이 리스크는 대부분 투자 직전에 서둘러 정리할 수 없습니다. 데이터룸을 열기 전, 늦어도 6~12개월 전부터 구조를 정리해 두어야 합니다.
  • 우리의 관점: 세무는 투자의 뒷정리가 아니라, 밸류에이션을 지키는 협상 카드입니다.

투자유치 라운드나 상장 준비에 들어간 회사가 가장 먼저 놀라는 지점은 대개 같습니다. 투자자와 주관사가 궁금해하는 것은 제품의 미래가 아니라, 회사가 지나온 '숫자의 과거'라는 사실입니다.

실사(Due Diligence)는 회계법인과 법무법인이 회사의 재무·세무·법률을 뜯어보는 절차입니다. 이때 발목을 잡는 것은 대개 매출이 아니라, 대표와 회사 사이의 돈, 권리의 귀속, 지분의 역사처럼 '구조'에 관한 문제입니다. 초기에 가볍게 넘긴 항목이 밸류에이션을 깎거나 딜 자체를 멈추게 합니다.

가지급금 — 실사에서 가장 먼저 걸리는 '대표와 회사 사이의 돈'

가지급금은 회사 장부에 '나갔지만 용도가 불분명한 돈'으로 남은 금액입니다. 대표가 회사 자금을 사적으로 쓰거나, 증빙 없이 인출한 흔적이 여기에 쌓입니다. 실사팀이 재무제표를 열었을 때 가장 먼저 확인하는 계정 중 하나입니다.

세법은 이 돈을 그냥 두지 않습니다. 특수관계인인 대표에게 무상으로 빌려준 것으로 보아 인정이자를 계산해 회사의 익금에 산입하고(법인세법 시행령 제89조), 그 이자 상당액은 대표의 상여로 처분되어 소득세까지 따라붙습니다. 적용 이자율은 원칙적으로 가중평균차입이자율이며, 요건에 따라 당좌대출이자율(연 4.6%)이 쓰입니다.

투자자 입장에서 가지급금은 단순한 세금 문제가 아니라 '대표가 회사와 개인의 지갑을 구분하지 않는다'는 신호로 읽힙니다. 그래서 금액의 크기보다 존재 자체가 감점 요인이 됩니다.

숫자로 보면

대표 앞으로 3억 원의 가지급금이 남아 있고 당좌대출이자율 연 4.6%가 적용된다면, 한 해 인정이자는 약 1,380만 원입니다. 이 금액은 회사의 익금으로 더해져 법인세를 늘리고, 동시에 대표의 상여로 처분되어 대표 개인의 소득세까지 높입니다. 회수하지 않고 방치할수록 매년 반복되므로, 실사 직전이 아니라 훨씬 이전부터 상환·정리 계획을 세워야 합니다.

IP 귀속 — 회사가 만든 것이 회사 것이 아닐 때

스타트업의 핵심 가치는 대부분 코드, 특허, 디자인 같은 지식재산(IP)에 있습니다. 그런데 실사에서 자주 드러나는 문제는, 정작 그 IP가 '회사 소유'로 정리돼 있지 않다는 점입니다.

창업 초기에 대표나 공동창업자가 개인 명의로 특허를 출원했거나, 외주 개발사가 만든 결과물의 소유권이 계약서상 회사로 넘어와 있지 않은 경우가 흔합니다. 직원이 업무 중 완성한 발명도 직무발명 보상과 승계 규정이 없으면 귀속이 모호해집니다.

이런 IP는 무형자산으로 장부에 계상돼 있어야 하고, 권리의 이전 경로가 계약서로 증명돼야 합니다. 회사의 가장 큰 자산이 서류상 회사 것이 아니라면, 투자자는 밸류에이션을 신뢰하기 어렵습니다.

정부지원금 정산 — 받을 땐 쉽고, 실사 땐 어렵다

예비창업패키지, 초기창업패키지, TIPS, 국책 R&D 같은 정부지원금(국고보조금)은 초기 스타트업의 중요한 자금원입니다. 문제는 이 돈의 회계·세무 처리가 생각보다 까다롭다는 데 있습니다.

국고보조금은 원칙적으로 받은 사업연도의 익금에 산입됩니다. 다만 지원금으로 사업용 자산을 취득하면, 그 금액을 일시상각충당금(감가상각 대상 자산)이나 압축기장충당금(토지 등)으로 계상해 과세를 이연하는 특례가 있습니다(법인세법 제36조). 이 처리를 놓치면 지원받은 해에 세금이 크게 불어납니다.

더 무거운 리스크는 정산입니다. 지원금을 목적 외로 쓰거나 정산 서류가 부실하면 환수와 사업 참여제한으로 이어질 수 있습니다. 실사팀은 지원금의 사용처와 정산 증빙이 목적에 맞게 남아 있는지를 항목별로 확인합니다. 회계처리와 정산 구조는 창업·스타트업 세무 컨설팅 단계에서 미리 설계해 두는 편이 안전합니다.

캡테이블·주주명부 — 지분의 역사가 깨끗한가

캡테이블(주주명부와 지분 구조)은 투자 계약의 출발점입니다. 그런데 초기 스타트업일수록 지분의 '역사'가 어지럽습니다.

주식을 양도하고도 주주명부와 변경등기를 제때 정리하지 않았거나, 창업자끼리 구두로 지분을 약속했다가 분쟁의 씨앗을 남긴 경우가 대표적입니다. 세금을 줄이려고 가족이나 지인 명의로 주식을 돌려놓은 명의신탁은 특히 위험합니다. 실제 소유자와 명의자가 다르면 명의자가 증여받은 것으로 보는 증여의제(상속세 및 증여세법 제45조의2)가 적용될 수 있기 때문입니다.

여기에 투자 단계에서 발행하는 상환전환우선주(RCPS)는 회계상 부채와 자본의 경계, 세무상 배당·이자 성격 등 별도의 쟁점을 만듭니다. 지분·증여가 얽힌 부분은 지분·상속증여 컨설팅에서 함께 살펴야 하며, 지분의 역사가 한 줄이라도 설명되지 않으면 실사는 그 지점에서 멈춥니다.

회계 신뢰도 — 초기라서 가볍게 본 장부가 발목을 잡는다

초기 스타트업은 비용이 매출보다 큰 시기가 길어, "어차피 낼 세금도 없는데"라며 기장과 증빙을 뒤로 미루기 쉽습니다. 그러나 실사는 세금의 많고 적음이 아니라 '장부를 믿을 수 있는가'를 봅니다.

적격증빙(세금계산서·계산서·카드전표) 없이 처리한 비용, 대표 개인계좌와 뒤섞인 사업 거래, 사업용 계좌를 통하지 않은 매입·매출은 모두 장부의 신뢰도를 떨어뜨립니다. 이런 항목이 많으면 실사팀은 재무제표 전체를 의심하게 되고, 그만큼 검증 비용과 시간이 늘어납니다.

결국 회계 신뢰도는 하루아침에 만들 수 없는 자산입니다. 투자와 상장을 염두에 둔다면, 이익이 나기 전부터 '남에게 보여줄 수 있는 장부'를 쌓아 두어야 합니다.

실사 지적 항목별, 데이터룸을 열기 전 정리할 것

실사에서 반복적으로 등장하는 지적 항목과, 데이터룸을 준비하기 전에 미리 정리해 두어야 할 액션을 한눈에 정리하면 다음과 같습니다.

실사 지적 항목 핵심 리스크 데이터룸 열기 전 정리 액션
가지급금인정이자 익금산입 + 대표 상여, 사금고 인상대표 대여금 상환·정리 계획 수립
IP 귀속핵심 자산이 회사 소유로 미정리, 밸류 신뢰 하락특허·코드·디자인 회사 명의 이전, 외주계약·직무발명 승계 정비
정부지원금익금산입·정산오류로 세금 증가·환수·참여제한압축기장 등 특례 점검, 목적별 사용·정산 증빙 정리
캡테이블명의신탁 증여의제, 지분분쟁, RCPS 회계쟁점주주명부·변경등기 정비, 명의신탁 해소, 우선주 조건 정리
회계 신뢰도적격증빙 누락·사업용계좌 미사용으로 장부 불신증빙 소급 정비, 대표계좌 분리, 기장 신뢰도 확보

⚠️ 실무상 주의할 점

여기서 정리한 항목들은 대부분 투자 직전에 한 번에 해결할 수 없습니다. 가지급금 상환, IP 이전, 명의신탁 해소는 그 자체가 또 다른 세금(양도세·증여세·소득세)을 만들 수 있어, 순서와 시점을 잘못 잡으면 정리하려다 오히려 리스크를 키웁니다. 개별 회사의 지분·자금 구조에 따라 최적의 정리 순서가 다르므로, 데이터룸을 열기 전에 세무·법률 검토를 함께 받는 것이 안전합니다.

자주 묻는 질문

투자 실사에서 세무가 왜 그렇게 중요한가요?

투자자와 주관사는 제품의 미래보다 회사가 지나온 숫자와 구조를 먼저 검증합니다. 대표와 회사 사이의 돈, 지식재산의 귀속, 지분의 역사, 장부의 신뢰도가 재무제표의 근거가 되기 때문입니다. 이 부분이 부실하면 밸류에이션이 깎이거나 딜 자체가 지연·중단될 수 있어, 세무는 투자의 뒷정리가 아니라 협상력을 지키는 핵심 요소로 다뤄야 합니다.

가지급금이 왜 투자 실사에서 문제가 되나요?

가지급금은 회사에서 나갔지만 용도가 불분명한 돈으로, 세법은 대표에게 무상으로 빌려준 것으로 보아 인정이자를 회사 익금에 산입하고 그 금액을 대표 상여로 처분합니다. 세부담이 늘어날 뿐 아니라, 투자자에게는 대표가 회사와 개인 자금을 구분하지 않는다는 신호로 읽혀 금액보다 존재 자체가 감점 요인이 됩니다. 실사 전 상환·정리 계획이 필요합니다.

정부지원금을 받으면 세금을 내야 하나요?

예비창업패키지·TIPS·국책 R&D 같은 국고보조금은 원칙적으로 받은 사업연도의 익금에 산입돼 과세 대상이 됩니다. 다만 지원금으로 사업용 자산을 취득하면 일시상각충당금이나 압축기장충당금으로 계상해 과세를 이연하는 특례가 있습니다(법인세법 제36조). 목적 외 사용이나 정산 오류는 환수·참여제한으로 이어질 수 있어 사용처와 정산 증빙 관리가 중요합니다.

캡테이블(주주명부)에서 자주 지적되는 문제는 무엇인가요?

주식을 양도하고도 주주명부·변경등기를 정리하지 않은 경우, 창업자 간 구두 지분 약속, 그리고 세금을 줄이려 타인 명의로 주식을 돌려놓은 명의신탁이 대표적입니다. 명의신탁은 실제 소유자와 명의자가 다르면 증여받은 것으로 보는 증여의제(상속세 및 증여세법 제45조의2)가 적용될 수 있습니다. 상환전환우선주(RCPS)의 회계·세무 처리도 함께 점검해야 합니다.

기준일 2026년 7월 6일 · 근거: 법인세법 시행령 제89조(가지급금 인정이자)·법인세법 시행규칙 제43조(당좌대출이자율 연 4.6%), 법인세법 제36조(국고보조금으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입), 상속세 및 증여세법 제45조의2(명의신탁재산의 증여의제), 발명진흥법(직무발명). 시행 상태: 모두 현행 시행 중. 본문의 숫자는 이해를 돕기 위한 예시이며, 인정이자율의 적용(가중평균차입이자율·당좌대출이자율 선택)·국고보조금 특례 요건·명의신탁 증여의제 적용 여부는 회사별 사실관계에 따라 달라지므로, 개별 검토 후 진행하시기 바랍니다.

다원의 시각

우리는 투자·상장 실사를 앞둔 회사에 '지금 세금을 얼마 줄일까'가 아니라 '실사에서 무엇이 문제가 될까'를 먼저 묻습니다. 가지급금·IP 귀속·정부지원금 정산·캡테이블은 하루아침에 정리되지 않고, 서두르면 또 다른 세금을 부르기 때문입니다.

그래서 우리는 데이터룸을 열기 전, 회사의 자금·지분·권리 구조를 한 테이블에 올려놓고 정리 순서를 설계합니다. 세무 판단은 세무의 언어로, 상법·계약 판단은 협력 법률 전문가와 함께 봅니다. 투자 전에 다듬은 숫자와 구조가, 협상 테이블에서 밸류에이션을 지키는 힘이 됩니다.

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