세무노하우

계약서는 프리랜서, 출근기록은 직원이었다

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메모장과 안경이 놓인 책상 — 수원 다원세무회계

결론부터

강사에게 보수를 지급하며 3.3%를 공제했다면, 이는 회사가 그 소득을 사업소득으로 신고했다는 뜻입니다. 그 사람이 실제로 프리랜서인지 여부와는 다른 문제입니다. 근로자성은 계약서의 명칭이 아니라 출근 의무, 업무지시, 전속성 등 실제 근무형태로 판단합니다. 근로소득으로 재정리되면 사회보험료와 퇴직금이 소급 발생해 원천세보다 부담이 커지는 경우가 많습니다. (기준일 2026년 8월 5일)

아래 사례는 특정 업체의 사건을 그대로 옮긴 것이 아니라, 실무에서 반복적으로 나타나는 유형을 재구성한 것입니다. 업종과 금액은 변형했습니다.

3.3%가 말해주는 것과 말해주지 않는 것

회사가 강사나 외부인력에게 보수를 지급할 때 3.3%를 공제하는 경우가 많습니다. 사업소득으로 원천징수했다는 표시일 뿐입니다. 그 인력이 세법상 프리랜서인지, 근로기준법상 근로자인지는 별개로 판단합니다. 지급 방식과 실제 지위는 다른 질문입니다.

계약서에 위탁계약이라고 적었다고 결론이 나지 않습니다. 명칭보다 실제 근무형태를 봅니다. 출근 의무가 있는지, 업무지시를 받는지, 다른 곳에서도 일할 수 있는지를 함께 살핍니다. 이 기준은 세무조사뿐 아니라 노동관계기관 조사에서도 동일하게 적용됩니다.

세법상 소득 구분과 근로기준법상 근로자성 판단은 서로 다른 절차로 진행됩니다. 하지만 두 절차가 들여다보는 사실관계는 크게 다르지 않습니다. 출근 시간, 업무지시, 대체 가능 여부 같은 자료는 세무조사에서도, 노동관계기관 조사에서도 똑같이 요구됩니다. 다만 두 판단이 항상 같은 결론에 이르는 것은 아닙니다. 절차가 다른 만큼 결론도 달라질 수 있으므로, 한쪽 결과를 다른 쪽에 그대로 대입하지 않는 편이 안전합니다.

출근기록이 계약서를 뒤집은 과정

교육서비스업을 운영하는 이 회사는 강사 22명과 강의용역 위탁계약서를 작성했습니다. 계약서에는 독립된 사업자로서 강의를 수행한다고 적혀 있었습니다. 보수에서는 매달 3.3%를 공제했습니다. 대표는 계약서와 원천징수만으로 처리가 끝났다고 생각했습니다.

그러나 실제 근무 모습은 달랐습니다. 강사들은 회사가 정한 시간표에 따라 출근했고, 지각하면 단체 대화방에 사유를 보고했습니다. 결강이나 대체강의는 원장의 승인이 필요했습니다. 교재와 진도표도 회사가 정했습니다.

보수도 수강생 수에 따라 크게 변하지 않았습니다. 매달 정해진 기본 강의료에 일부 수당을 더해 지급했습니다. 강사가 자신의 계산으로 가격을 정하거나, 다른 사람을 대신 투입할 수 있는 구조는 아니었습니다. 그런데도 급여대장에는 이들의 이름이 없었습니다.

3년간 근무한 강사 한 명이 퇴사하며 퇴직금을 요구했습니다. 회사는 프리랜서이므로 대상이 아니라고 답했습니다. 강사는 출퇴근기록과 단체대화방 지시 내용, 수업시간표를 노동관계기관에 제출했습니다. 계약서 명칭만으로는 정리할 수 없는 상황이 됐습니다.

근로자성을 가르는 실질 기준

근로자성은 한두 가지 요소로 판단하지 않습니다. 회사는 강사 22명을 하나의 유형으로 묶지 않고, 근무형태에 따라 개별적으로 검토했습니다. 아래는 그 과정에서 실제로 살펴본 항목입니다.

판단 요소근로자성 인정 쪽독립사업자 쪽
근무시간과 장소회사가 정한 시간표·장소에 구속본인이 시간과 장소를 정함
업무지시·평가관리자의 지시와 평가를 받음결과물만 납품하고 과정은 자율
대체 가능성본인이 직접 수행, 대체 시 승인 필요본인이 다른 사람을 고용해 대신 수행 가능
전속성해당 업체 업무에 사실상 전속여러 기관과 동시에 거래
보수 방식근무시간·성과와 무관하게 고정 지급실적이나 계약 단가에 따라 변동

이 표에서 한쪽으로 몰리는 인력일수록 근로자성이 강하게 인정됩니다. 반대로 여러 항목이 독립사업자 쪽에 있다면 사업소득 처리가 타당할 수 있습니다. 22명을 검토한 결과 8명은 실질적으로 근로소득자로 정리하는 것이 타당하다고 판단했습니다. 나머지는 자신의 사업자등록으로 계산서를 발행하거나 다른 기관에서도 독립적으로 강의하고 있었습니다. 출퇴근기록, 대체강의 가능 여부, 시설과 장비의 제공 주체, 다른 기관과의 거래 여부도 함께 확인했습니다. 한 사람의 진술이 아니라 여러 자료가 같은 방향을 가리키는지를 봤습니다.

재정리 이후 드러난 진짜 부담

재정리 대상이 된 8명에 대해 과거 사업소득 지급자료를 정정하고 근로소득 원천세를 다시 계산했습니다. 문제는 세금이 아니라 그 다음부터 시작됐습니다. 사업소득으로 처리할 때와 근로소득으로 재정리할 때 회사가 짊어지는 항목은 크게 달라집니다.

구분사업소득으로 처리했을 때근로소득으로 재정리했을 때
원천징수지급액의 3.3% 공제로 종결근로소득세·지방소득세 별도 재계산
사회보험료발생하지 않음회사 부담분과 근로자 부담분 소급 발생
퇴직금지급 의무 없음근무기간에 따라 소급 지급 의무 발생
정산 상대방해당 없음이미 퇴사한 인력에게 근로자 부담분 요구

근로소득자로 정리된 인원의 회사 부담 사회보험료와 지연 부담액은 약 3,800만 원으로 계산됐습니다. 퇴직금과 미정산 수당은 약 2,100만 원이 추가됐습니다. 원천세 자체는 환급과 추가납부가 섞였지만, 회사가 실제로 부담한 금액은 세액보다 훨씬 컸습니다. 일부 강사는 사업소득으로 과다 공제됐던 세금을 환급받을 수 있었지만, 대신 근로자 부담분 사회보험료를 추가로 정산해야 했습니다. 이미 퇴사한 강사에게 과거 보험료를 다시 요청하는 절차는 세금 정정보다 훨씬 오래 걸렸습니다.

지금 점검해야 할 세 가지

위탁계약 형태로 인력을 운용하고 있다면 세 가지를 먼저 점검해야 합니다. 첫째, 출근 의무와 업무지시 여부입니다. 계약서와 실제 운영방식이 같은지 확인합니다. 둘째, 전속성 여부입니다. 다른 곳에서도 동일한 방식으로 일하고 있는지 봅니다. 셋째, 보수의 변동성입니다. 성과나 실적과 무관하게 고정 지급되고 있는지 확인합니다.

인력 전체를 한꺼번에 판단하지 않는 것도 중요합니다. 같은 회사 안에서도 근무형태는 사람마다 다를 수 있습니다. 일부만 근로자성이 강하게 나타난다면 그 인원부터 우선 검토하는 편이 현실적입니다. 출퇴근기록, 업무지시 내역, 계약서, 지급내역을 미리 정리해 두면 판단도, 이후 대응도 빨라집니다.

다원의 시각

3.3% 원천징수는 절차이지 판정이 아닙니다. 회사가 어떤 소득으로 신고했는지를 보여줄 뿐, 그 사람의 법적 지위를 증명하지 않습니다. 근로자성은 계약서를 쓴 시점이 아니라 매일의 근무형태로 쌓입니다. 문제는 몇 년 뒤에 드러나고, 그때는 이미 사람이 회사를 떠난 뒤인 경우가 많습니다. 신고는 정정할 수 있지만, 퇴사한 사람에게서 보험료를 다시 받아내는 일은 정정만으로 해결되지 않습니다.

프리랜서 원천징수 자체의 세율 변화가 궁금하다면 프리랜서 원천징수 3%가 2%로, 다만 2027년부터입니다 글도 함께 참고하시기 바랍니다.

기준일 2026년 8월 5일
사례 성격 특정 업체의 사건이 아니라 실무에서 반복되는 유형을 재구성한 것으로, 업종과 금액은 변형했습니다
근거 근로자성 판단은 계약의 형식이 아니라 실질적인 근무형태(전속성, 지휘감독, 시간과 장소의 구속 여부 등)에 따른다는 원칙이 법원 판례와 과세관청 해석에서 일관되게 적용되고 있습니다.
주의 인력별로 근무형태가 다르면 판단도 달라질 수 있어 개별 사안에 대한 검토가 필요합니다. 이 글은 소득 구분과 원천징수 등 세무 측면을 다룬 것으로, 근로기준법상 근로자성 판정과 퇴직금 산정은 노무 영역입니다.

출근기록과 계약서가 다르다면, 지금 확인하십시오

위탁계약으로 운용 중인 인력의 소득 구분과 원천징수·지급명세서 처리가 실제 근무형태와 맞는지 검토해 드립니다. 근로자성 판정과 퇴직금·노동관계기관 대응은 세무사의 직무 범위를 벗어나므로, 필요하면 협력 노무사와 연계해 함께 진행합니다.

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자주 묻는 질문

3.3%를 공제했는데 왜 근로자로 볼 수 있나요?

3.3% 공제는 회사가 그 소득을 사업소득으로 신고했다는 표시일 뿐입니다. 근로자성은 원천징수 방식이 아니라 실제 근무형태로 판단합니다. 회사가 정한 시간표에 따라 출근하고, 업무지시와 평가를 받으며, 다른 곳에서 일하기 어려운 전속 구조라면 계약서의 명칭과 관계없이 근로자로 인정될 수 있습니다. 세금 처리와 근로자성 판정은 별개의 문제로 다뤄지며, 조사기관도 각각 독립적으로 사실관계를 확인합니다.

일부 인력만 근로자로 재정리해도 되나요?

네, 가능합니다. 위탁계약을 맺은 인력이라도 근무형태는 저마다 다를 수 있습니다. 회사가 정한 시간표와 지시를 따르는 인력과, 스스로 일정과 방식을 정해 여러 곳에서 일하는 인력을 같은 기준으로 묶을 필요는 없습니다. 실제 사례에서도 22명 중 근무형태가 뚜렷이 다른 인원만 근로소득자로 재정리했고, 나머지는 기존 방식을 유지했습니다. 인력별로 자료를 나눠 검토하는 절차가 먼저 필요합니다.

근로소득으로 재정리하면 원천세만 다시 내면 되나요?

원천세 재계산은 시작일 뿐입니다. 근로소득으로 재정리되면 회사 부담 사회보험료와 근로자 부담분, 근무기간에 따른 퇴직금까지 함께 발생합니다. 이미 퇴사한 인력이라면 근로자 부담분을 다시 받아내는 절차도 필요합니다. 세금보다 사회보험료와 퇴직금 부담이 더 커지는 경우가 많아, 재정리 전에 전체 부담 규모를 먼저 계산해 보는 것이 좋습니다. 회사 자금 계획에도 영향을 주는 항목이므로 미리 파악해 두어야 합니다.