법인성실도 0점, 그리고 부당 세무조사 — 감사원이 짚은 120개 회사 사례
Key Points
- 국세청 평가 오류로 120개 법인이 부당하게 세무조사 받았다
- 감사원이 본청 평가시스템 자체를 "근본적으로 잘못 설계됐다"고 지적
- 세무조사를 받았다고 무조건 받아들이지 마세요 — 부당 선정 입증 가능
2026년 4월 2일 감사원이 발표한 국세청 정기감사 결과는 충격적이었습니다. "법인성실도 평가 잘못으로 120개 법인이 2024~2025년 부당하게 세무조사 대상이 됐다"는 지적입니다.
세무조사는 기업이 가장 두려워하는 절차입니다. 그런데 그 시작점인 "대상 선정"이 잘못됐다면 어떻게 될까요? 감사원이 짚은 두 가지 오류와 그 의미를 살펴봅니다.
📚 출처 — 감사원 「기관정기감사 감사보고서: 국세청 정기감사」 2026. 4. 2. 의결. Ⅲ.2.(1) 법인 성실도 평가 잘못으로 인한 세무조사 대상선정 부적정 / (2) 세무조사 대상선정 관련 평가기준 부당 설계.
국세청의 일반적인 법인 세무조사 선정 기준
국세청은 정기 법인 세무조사 대상을 세 가지 유형으로 나눕니다.
| 유형 | 대상 |
|---|---|
| 순환조사 | 수입금액 2,000억원 이상 법인 (5년 주기) |
| 장기 미조사 | 오랜 기간 조사 받지 않은 법인 |
| 성실도 평가 유형 | 본청이 점수화한 성실도 점수 하위 법인 |
이 중 가장 많은 기업이 적용받는 것이 성실도 평가 유형입니다. 본청이 각 법인의 신고 내용, 동종 업종 평균, 거래 패턴 등을 점수화하고, 하위 점수 기업을 지방청에 송부합니다. 지방청은 그 명단대로 세무조사를 진행합니다.
일반적으로는 평가 점수가 정확하게 계산됩니다 — 그러나
감사원이 발견한 사실은 단순했지만 충격적입니다. 본청이 일부 평가항목을 누락한 채 0점으로 처리한 후, 그 잘못된 점수를 기반으로 세무조사 대상을 정했습니다.
오류 패턴
- 본청에서 법인성실도를 평가하면서 일부 평가항목(예: 특정 거래 분석)을 누락
- 누락된 항목은 0점으로 일괄 처리
- 그렇게 산출된 왜곡된 점수를 그대로 지방청에 송부
- 지방청은 그 명단대로 세무조사 실행
특정 평가항목이 누락되면, 그 항목에서 정상 점수를 받았어야 할 법인은 실제 성실도와 무관하게 점수가 깎입니다. 결과적으로 성실하게 신고한 회사가 부실 신고 혐의자로 분류되어 세무조사 통지서를 받게 됩니다.
감사원은 이런 사례를 2024~2025년 동안 120개 법인에서 확인했습니다. 그 회사들은 본인 잘못이 아니라 국세청의 평가 시스템 결함 때문에 세무조사를 받은 것입니다.
✓ 체크포인트
120개 법인은 평가시스템 오류의 결과입니다. 감사원이 "본청 평가시스템 자체가 부당하게 설계됐다"고 별도 지적했기 때문에, 같은 평가 로직 아래 잘못 분류된 법인이 더 있을 가능성이 있습니다.
감사원이 짚은 또 다른 문제 — 평가기준 자체의 부당 설계
감사원은 단순한 입력 오류만 지적한 게 아닙니다. 평가기준의 설계 자체가 부당하다고 별도 통보했습니다.
평가기준 부당 설계의 의미
- 특정 업종이나 규모의 법인이 구조적으로 불리하게 평가되는 항목 존재
- 실제 성실도와 무관한 항목이 높은 비중을 차지
- 일부 항목은 이중 계산되거나 다른 항목과 상관성이 높아 같은 사유로 점수가 두 번 깎임
이는 곧 지난 수년간 국세청이 사용해 온 성실도 평가 결과 자체가 흔들린다는 뜻입니다. 이미 종결된 세무조사라도, 선정 단계의 평가 점수가 부당했다면 결과적으로 부당한 처분이 됩니다.
같은 보고서에서 감사원은 개인사업자 정기 세무조사도 64명이 부당 선정됐다고 지적했습니다. 본청 명단을 받은 부산·중부·광주청이 탈루 혐의 큰 순서대로 선정해야 하는데도 단순히 명단 순서대로 또는 임의 기준으로 선정했고, 광주·대전·중부청은 동명이인·조사이력 검토를 소홀히 해 우선 대상자 5명을 부당하게 제외했습니다.
지방국세청 차원에서도 같은 패턴 — 부산청 사례
본청만의 문제가 아닙니다. 감사원은 부산지방국세청 정기감사(2024년 12월)에서도 비슷한 지적을 했습니다.
- 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제 혐의 세무조사 결과 부당 처리 (징계·시정)
- 가업상속공제 적용 자산에 대한 양도소득세 부족 징수
- 비사업용토지 양도 법인세 미부과
- 세무조사 결과 인정상여 과세자료 처리 지연
부산청은 세무조사 자체를 부당하게 처리한 사례까지 적발됐습니다. 대상 선정도, 처리 결과도 흔들릴 수 있다는 뜻입니다.
이미 세무조사를 받은 법인은 어떻게 해야 할까
국세청은 감사 결과를 받아들였습니다. 즉, 향후 평가시스템 개편이 예고된 상황이며, 잘못된 평가로 세무조사를 받은 법인의 항변 근거가 공식적으로 마련됐습니다.
점검해야 할 4가지
- 세무조사 대상 통지서를 다시 살펴보세요 — 선정 사유가 "성실도 평가 결과"라면 검토 가치 있음
- 2024~2025년 세무조사 종결 기업이라면 결과 처분의 적정성 재검토 가능
- 경정청구·이의신청·심판청구 기간이 남아 있는지 확인
- 업종 특성상 구조적으로 불리한 평가를 받았는지 검토
💡 전문가 인사이트
다원세무회계의 한마디 — 그동안 세무조사를 받으면 "왜 우리지?"라는 질문에 명확한 답이 없었습니다. 이번 감사원 지적은 그 답을 공식적으로 인정합니다 — 국세청의 선정 시스템이 항상 정확한 것은 아니다. 세무조사 대응의 첫 출발점은 "왜 선정됐는가"를 분석하는 것입니다. 평가 시스템 오류로 선정된 사례라면, 본 조사 자체보다 선정 부당성 항변이 더 강력한 카드가 될 수 있습니다. 다원세무회계는 세무조사 대응 단계부터 결과 처분 불복까지 전 과정을 함께합니다.
전문가와 함께 대응하세요
세무조사는 한 번 받으면 끝나는 절차가 아닙니다. 결과 처분에 따라 본세·가산세 추징, 형사 고발, 신용 영향까지 이어집니다. 잘못된 선정의 결과를 그대로 받아들이는 것은 회사에 누적적 손실을 가져옵니다.
다원세무회계는 다음 단계에서 회사를 보호합니다.
- 세무조사 통지 직후 — 선정 근거 분석 및 대응 전략 수립
- 조사 진행 중 — 입회·자료 제출 범위 협상·소명 자료 작성
- 결과 처분 후 — 경정청구·이의신청·심판청구·행정소송
다원세무회계와 상담하세요
다원세무회계는 단순 신고 대행이 아닌, 세무조사 전 과정 동행을 제공합니다. 부당 선정 입증, 조사 대응, 결과 불복까지 한 팀이 책임집니다.
전화: 031-992-1100 | 이메일: dawontax0503@naver.com
