사무장 병원 부가세 267억, 7년 시효로 영구 면제 — 의사·약사 명의대여 위험성

2026년 4월 2일 감사원 발표 가운데 가장 큰 액수의 지적은 사무장 병원 등 부가가치세 부당면제 576억원입니다. 그중 267억원은 부과제척기간 7년이 도과해 영구적으로 징수가 불가능해졌습니다. 적발해 두고도 7년 동안 처리하지 않아 사라진 세금입니다.

의료법인·의원·약국을 운영하시거나, 의사·약사 명의를 빌려준 적이 있다면 반드시 알아야 할 내용입니다.

의료보건용역의 부가세 면제 원칙

「부가가치세법」 제26조 제1항 제5호는 의사·치과의사·한의사가 「의료법」에 따라 제공하는 의료보건용역과 약사가 「약사법」에 따라 제공하는 의약품 조제 용역을 부가세 면제 대상으로 정합니다.

면제의 전제 — '의료인이 제공해야 한다'

대법원 판례(2013. 5. 9. 선고 2011두5834)는 "부가세 면제 의료보건용역은 「의료법」·「수의사법」에서 규정하는 의사·안마사·수의사 등이 공급의 주체가 되어 제공하는 용역"이라고 명시합니다. 즉, 비의료인이 개설·운영하는 의료기관(사무장 병원)이나 약국이 제공하는 용역은 부가세 면제 대상이 아닙니다.

구분	부가세 처리
의료인이 직접 개설·운영	부가세 면제 ✓
비의료인이 의사 명의를 빌려 운영 (사무장 병원)	부가세 과세 (면제 대상 아님)
비약사가 약사 명의를 빌려 운영 (사무장 약국)	부가세 과세

일반적으로는 적발되지 않습니다 — 그러나 시간 문제일 뿐

국민건강보험공단(건보공단)은 매년 사무장 병원·약국을 적발하고, 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따라 그 명단을 매년 3월 31일까지 국세청에 송부합니다. 그러면 국세청은 부가세를 추징해야 합니다.

그런데 감사원이 확인한 결과, 국세청은 2020년부터 2024년까지 5년간 491건(404개 기관)의 사무장 병원 자료를 받고도 거의 활용하지 않았습니다.

그 결과 — 576억 부족, 267억 영구 면제

감사원이 491건 중 부과제척기간이 남아있어 과세 가능했던 359건/169개 기관을 분석한 결과는 다음과 같습니다.

구분	건수	금액 (가산세 포함)
부과제척기간 도과 (영구 면제)	246건 / 105개 기관	266억 6,150만원
부과제척기간 잔존 (추징 가능)	113건 / 64개 기관	310억 17만원
합계	359건 / 169개 기관	576억 6,316만원

여기에 더해, 유죄 확정판결 전에 부과제척기간이 도과한 사례도 54건/24개 기관, 36억 3,264만원 추가로 발생했습니다. 재판이 끝나기를 기다리는 사이에 시효가 지나버린 것입니다.

국세청의 후속 조치 — 추징이 본격화됩니다

감사원은 국세청장에게 다음 두 가지를 통보·조치 요구했습니다.

1. 주의: 앞으로 「의료법」 위반 관련 과세자료 미활용으로 부가세를 부족 징수하는 일이 없도록 수집·활용·감독 업무 철저히
2. 통보: 부가세를 부당하게 면제받은 「의료법」 등 위반자에 대해 부가세 추징 방안 검토

국세청은 감사 결과를 받아들이며 "과세가 필요한 경우 과세예고·조사의뢰 등의 조치를 할 예정"이라고 답변했습니다. 즉, 남은 310억원에 대한 추징이 본격화될 예정입니다.

위험에 노출된 대상

• 비의료인이 의사·약사 명의를 빌려 운영했던 의료기관·약국
• 건보공단 부당이득 환수 처분을 받은 병원·약국 운영자
• 「의료법」 제33조 제2항·「약사법」 제20조 제1항 위반 유죄 확정자
• 명의를 빌려준 의사·약사 (실제 운영자가 아닌 경우라도 가산세 대상)

대응의 핵심 — 가산세를 줄이는 시점

이미 적발됐다면 가장 큰 변수는 가산세입니다. 사무장 병원의 부가세 추징은 통상 본세의 40~50%까지 가산세가 추가됩니다 (부정 무신고 가산세 + 납부지연가산세 등).

국세청이 추징 절차를 시작하기 전에 자진 신고·자진 납부를 하면 가산세를 일부 감경받을 수 있습니다. 이미 과세예고통지를 받았다면 과세전적부심사 청구로 사실관계를 다툴 여지가 있습니다.

전문가와 함께 정리하세요

감사원이 짚은 310억원의 추징은 곧 시작됩니다. 마냥 기다리는 것은 가산세만 늘리는 길입니다.

• 건보공단 부당이득 환수 통지를 받은 적이 있다면 → 과세 가능성 점검 필요
• 유죄 확정판결이 있는 사안이라면 → 부과제척기간 잔여 여부 확인
• 명의를 빌려준 의사·약사라면 → 본인의 세무 노출도 별도 검토 필수
• 아직 적발되지 않은 사안이라면 → 자진 시정의 가능성·실익 검토